Jurusan Pendidikan Biologi bermula dari kursus B1 dan B2 Ilmu Pasti dan Alam yang diselenggarakan oleh Fakultas Ilmu Pasti dan Alam (FIPA) Universitas Gadjah Mada (UGM). Pada tanggal 1 Agustus 1960 dibuka Jurusan Pendidikan Ilmu Hayat Fakultas Pedagogi UGM yang selanjutnya pada tanggal 1 Januari 1962 masuk ke FKIP-B UGM. Mulai 21 Mei 1964 status FKIP-B UGM berubah menjadi FKIE IKIP Yogyakarta dan terlepas dari UGM dan selanjutnya menjadi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA). Sementara itu Jurusan Pendidikan Ilmu Hayat diubah namanya menjadi Jurusan Pendidikan Biologi. Program studi yang dimiliki pada waktu itu hanya Program Studi Pendidikan Biologi yang telah berdiri sejak tahun 1984.

Setelah IKIP Yogyakarta diubah menjadi Universitas Negeri Yogyakarta (UNY), dengan adanya wider mandate, berdasarkan SK Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 240/DIKTI/Kep/1997 didirikan Program Studi Biologi yang bernaung di bawah Jurusan Pendidikan Biologi FMIPA UNY.

Jurusan Pendidikan Biologi FMIPA UNY memiliki dua program studi, yaitu Prodi Biologi dan Prodi Pendidikan Biologi, serta didukung oleh laboratorium terpadu dalam satu bangunan tiga lantai, meliputi:

• Laboratorium Mikrobiologi, Bioteknologi, dan Riset
• Laboratorium Botani
• Laboratorium Zoologi
• Laboratorium Ekologi, Ilmu Lingkungan, Biologi Dasar, Animal House, dan Green House
• Laboratorium Workshop, Teknik Laboratorium, dan TIK
• Outdoor Laboratory

Setiap laboratorium mendukung kegiatan praktikum dan penelitian, baik oleh dosen maupun mahasiswa. Fasilitas penunjang lainnya meliputi ruang perpustakaan, ruang komputer dan internet, ruang workshop media pembelajaran, serta ruang klinik microteaching. Laboratorium juga dilengkapi kebun dan kolam percobaan, Green House, serta Animal House yang dimanfaatkan untuk kegiatan praktikum, penelitian, dan sebagai sarana income generating.